Organ upravljanja v VDC Ajdovščina – Vipava je Svet zavoda. Sprejema najpomembnejše splošne akte, program dela ter razvoja zavoda, finančni načrt in letno poročilo. Skladno z zakonom imenuje in razrešuje direktorja, izvaja pravice in obveznosti delodajalca v razmerju do direktorja zavoda ter opravlja druge zadeve določene z zakonom, sklepom o ustanovitvi ter statutom VDC Ajdovščina – Vipava.
Svet VDC Ajdovščina – Vipava sestavlja sedem članov, in sicer: štirje predstavniki države oz. ustanovitelja ter po en predstavnik zaposlenih, invalidskih organizacij ter zakonitih zastopnikov oz. skrbnikov uporabnikov. Mandat članov traja štiri leta in so lahko ponovno imenovani oz. izvoljeni. Svet ima predsednika ter namestnika, katera izmed sebe izvolijo člani sveta (na prvi, konstitutivni seji).

Člani sveta v mandatnem obdobju 2023 – 2027:
– Alenka Magajne, predstavnica ustanovitelja
– Ivan Pavlič, predstavnik ustanovitelja – namestnik predsednika sveta
– Ksenija Sever, predstavnica ustanovitelja
– Maruša Treven Nagode, predstavnica ustanovitelja
– Branko Bone, predstavnik zakonitih zastopnikov oz. skrbnikov uporabnikov
– Stane Randl, predstavnik invalidskih organizacij (društvo Sožitje)
– Marko Tomažič, predstavnik zaposlenih – predsednik sveta