Direktor VDC Ajdovščina – Vipava za pomoč pri organizaciji strokovnega vodenja zavoda imenuje strokovni svet. Gre za kolegijski strokovni organ zavoda, katerega naloga je obravnava vprašanj s področja strokovnega dela zavoda, odločanje o strokovnih vprašanjih v okviru pooblastil ter določanje strokovnih podlag za program dela in razvoja zavoda. Strokovni svet daje direktorju in svetu zavoda mnenja in predloge glede organizacije dela in pogojev za razvoj dejavnosti z uvajanjem sodobnih metod dela.
Strokovni svet VDC Ajdovščina – Vipava sestavljajo direktor kot strokovni vodja ter od 4 do 9 članov, ki jih direktor imenuje izmed strokovnih delavcev in sodelavcev. Mandat članov strokovnega sveta traja do preklica oz. izteka mandata direktorja.

Člani strokovnega sveta (v mandatnem obdobju 2023 – 2027):
– Darja Potočnik, skupinska habilitatorka – vodja VVZPP Vipava
– Matejka Štrukelj, skupinska habilitatorka – vodja VVZPP Ajdovščina
– Mirjam Tozan Jejčič, skupinska habilitatorka – vodja IVO
– Veronika Kožman Tratnik, dipl.med.sestra – vodja zdravstvene dejavnosti
– Ivana Lavrenčič, direktorica.